生態廁所通過特殊馴化過后的高效的復合微生物為主的微生物群體消化糞便的生態系統，對糞便進行生態化的處理凈化。下面昆明移動廁所廠家就來說說生態移動廁所的工作原理。

　　首先是，微生物的菌種群釋放出具有降解有機物功能的高蛋白酶，將大分子的有機物降解成為糖、脂肪酸、氨基酸等小分子的有機物，微生物的菌種以此為養分代謝出水、氣體、生物熱能，與此同時的是它的自身也是以幾何級數進行繁殖。由此將糞尿中可生物降解的有機物完全的氧化為簡單的無機物——H2O、CO2、NO3、SO4-2、PO4-3等其它氣體。其他的分解出來的水分及雜物直接的蒸發排出，分解后的極少量余渣富含有機質、N、P、K、微量元素，可回收為高效有的機肥料回歸自然利用。這種廁所的包含著大量的好氧微生物的高效的生物活性填料可將糞尿中的臭氣吸收轉化，實現了對糞便的分解、脫臭、凈化的一體化的處理。糞尿中的大腸桿菌、寄生蟲卵等有害病菌、雜菌在60℃以上的高溫的條件下會被殺死或者是被微生物的群落所吞噬，從而實現了安全衛生無害化的廁所的結構。